каталог с настройками хранится не там где положено

Goldendict не поддерживает стандарты XDG http://www.freedesktop.org/wiki/, http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/latest/ar01s03.html. В частности goldendict входит в число программ которые замусоривают своим каталогом с настройками (~/.goldendict) домашний каталог пользователя. Стоит только в файл-браузере включить отображение скрытых файлов как становится невозможно нормально использовать обычные каталоги из /home/user/ - потому что каждая программа, создатели которой по старинке создают каталог с настройками в домашней папке, норовит её замусорить своим каталогом - и если в системе установлено очень много программ то домашний каталог превращается в свалку. Существует элегантное решение этой проблемы - хранить все каталоги с настройками в специально предназначенной для этого скрытой папке /home/user/.config, причём внутри этой папки естественно уже нет смысла делать каталоги скрытыми. Многие известные программы(OpenOffice, SMPlayer, VLC, ...) уже перешли на этот стандарт, надеюсь что и остальные вскоре подтянутся.