Ubuntu 11.10
устанавливаем "gnome shell classic systray extension" и удаляем ATI proprietary driver.
Хотя в последней версии (AMD Catalyst™ 12.8 Display Driver) вроде как исправили.
Ubuntu 12.04
100% баг убунту. При запуске через "startup applications" отсутствуют иконки не только голден дикт, а и
скайпа и других Qt приложений.
Вариант 1 - написать скрипт примерно следующего содержания
#!/bin/bash
sleep 8
exec skype &
sleep 1
exec goldendict &
sleep 1
exit 0
и добавить его в "startup applications"

задержку можно пообовать уменьшить с 8 сек. до 4-х.
Вариант 2 - перейти на Fedora